Après la promulgation de la loi Camille SEE, le 21 décembre 1880, créant l'enseignement secondaire féminin, la ville de Montauban, sous l'impulsion de son maire Alexis BERGIS, fut l’une des toutes premières en France - et la première de l'académie de Toulouse - à se doter d'un collège de jeunes filles, vite promu au rang de lycée national. Les travaux de construction du lycée, avenue Lacapelle, sont confiés à un architecte parisien de grand renom à l'époque, Jean-Auguste VAUDREMER, membre de l'Institut. Le nouvel établissement, considéré par les contemporains comme un lycée modèle, ouvre ses portes le 11 octobre 1886. Du fait des attaches montalbanaises de Michelet, il prend le nom du grand historien en 1899.

Ce paisible lycée de jeunes filles se trouva confronté aux événements tragiques de notre histoire contemporaine, en surtout durant la période sombre de 1939-44. Hôpital même de casernement à la Milice de Vichy en 1944, La dernière étape de son histoire se place en 1968 lorsque l'établissement, transformé en lycée mixte, regroupa garçons et filles des classes de Secondes, Premières et Terminales, dans les locaux de 1886.