La région Midi-Pyrénées, du fait de sa situation au carrefour des quatre zones biogéographiques présentes en France, regroupe des milieux naturels, une faune et une flore extrêmement diversifiées. 92 sites ont été proposés après consultation locale pour intégrer le réseau Natura 2000. Ils se répartissent en cours d'eau, zones humides, montagnes, pelouses sèches, auxquels s'ajoute une catégorie "habitats d'espèces".